膜堆的内部清洗主要是在其受给水中污染物如有机物、硬度、颗粒和铁等污染时进行。EDI膜堆进水条件在设计上最大限度地减少任何正常和持续的操作过程中膜堆所需的维护。但是运行过程中，当不符合进水规范和/或者所加电压不够时，一定的维护还是必要的。
1)盐/硬度结垢
如果 EDI 的进水中含有较多的溶质，就可能在浓水室中形成盐的沉淀（如结垢），引起离子交换膜浓水侧结垢，纯水水质下降。硬度离子（Ca2+、Mg2+）、溶解的 CO2 和较高的 pH 值均会加速膜堆结垢。可以用适当的酸溶液清洗污垢。
2)TOC有机物污染
含有机污染物的进水会污染阻塞离子交换树脂和离子选择性膜，形成的薄膜层严重影响离子迁移速率，从而影响产水的品质。这种情况下，淡水室就必须用经认可的非离子表面活性剂或是经认可的碱清洗液进行清洗。
3)颗粒污染
EDI 进水中大的杂质颗粒会造成进水流部分的阻塞，引起膜堆之间水流分配不均匀，从而导致膜堆性能变差。在 EDI 进水中细小的颗粒还会污染树脂和浓水室。如果 EDI 进水不是直接来自 RO 产水，而是来自 RO 的产水箱， EDI 膜堆需要前置一个过滤器对其进行过滤。在 EDI 膜堆安装之前，需确保管道系统无颗粒杂质残留。
